而百里君徵也趁势提出，让白马和灰原分手的要求。

白马不愿意灰原以后就生活在黑暗的世界里，却在提出分手的过程中被灰原打断，并被灰原带到当初两人定情的樱花林中。灰原哀对着樱花林坦白自己的心声，希望从今以后以真实的自己，以宫野志保的身份永远和他在一起，不管她能不能看到。白马被宫野的真情感动，两人和好如初，感情也再进一层，一起拒绝了百里君徵。百里君徵也就此看清了两人的感情，潇洒放手，和一直对他不离不弃藤野觅绯离开了，众人的生活恢复了平静。

工藤心蕊正式回到了工藤家，并跟随众人一起到东都大学开启了无忧无虑地大学生活模式。宫野虽然眼睛看不见，但也拦不住整天跟着白马蹭课玩儿。众人十分惬意地度过了两年，但在第三个学年来临之时，一个不知算好算坏的消息打破了众人平静的生活，白马因为学习优异，且不知是谁想暗中讨好白马总监，将白马的名字列入了出国学习的名单里，白马即将被派往吉利进行为期一年的学习。而宫野在之前与组织的斗争中受伤严重，除了眼睛之外各方面都有所损害，松原曾经很严肃地跟白马说过，宫野的耳朵虽然现在看起来完好无损，甚至因为视觉的缺失而逐渐灵敏，但其实却是一颗不定时炸弹，千万不能受到任何剧烈刺激，尤其是像飞机一类会对耳朵产生巨大影响的交通工具是绝对不能乘坐的，因而在这两年里，众人就算出门旅游也只是选择自驾，很少选择其他交通工具。也正是因此，白马这一去，也就意味着两人将要分开一年。

宫野虽然对白马离国读书的事情有些不舍，但大多还是豁达地接受，经过组织那件事情，她对很多事情都看得比较开，出国读书是好事，她不应该拦着。但令她万万没有想到的是，在白马离国读书前的第三天，在组织斗争中应该被炸死的Gin竟然活着回来又找到了她，并威胁她跟他回现在的“组织”。宫野受胁迫不敢向众人透露半句，伤心绝望之外，在白马离开前的最后一晚，众人为白马准备的饯别宴上，以樱花和服盛装出席，并为白马准备了和服，两人如新婚夫妇一般成为了整场宴会的焦点。而在那天夜晚，宫野更是抛开一切，真正地与白马在一起了。

次日，白马在众人送别之下离开了，而宫野也在当天夜里收拾行装准备离开。不料，在宫野踏入玄关之际，松原竟察觉到走了出来，宫野以国家的邀请打消了松原的疑虑，却也暗中庆幸松原可以提前注意到她留下的暗示。结果也的确如灰原所料，松原在灰原被迷晕失去意识前发现了她留下的破绽，明白了她其实是被组织所绑。知道真相的众人不禁有些慌乱，好不容易得来的宁静再一次被打破，众人即刻通知了在各方人员组织重生的消息，并暗暗储备力量，再次与组织决一死战。

而在宫野被绑回组织后，工藤心蕊也暗暗有预感组织会找上她，便与工藤等人商议，如果组织找到她，让她先“回”组织试探情况，再想办法联系他们。工藤等人虽然不同意，但事情的发展速度却远远超出他们的想象，工藤心蕊被雷霆之速被绑了回去。而被绑回去的工藤心蕊也才清楚地了解到回来是多么愚蠢的决定。因为，她看到了一个神情完全恍惚的宫野，并且Gin告诉她，她将也会和宫野一样，成为组织全新的杀人工具。这是Brandy在离开组织后发现的一种药物，可以完全清洗人的记忆，让人忘记一切，甚至吃饭睡觉，如同一个新生婴儿一般，但吃药人由于失忆前所有的基础，学习事物的能力也是普通人正常成长的千百倍，能够迅速掌握失忆前的一切能力，除了思考和判断能力，彻底沦为一个工具。工藤心蕊挣脱不开，只能眼睁睁看着宫野将药物灌入她的口中，之后便是一片空白。

组织的重生本就是众人的意料之外，工藤心蕊和宫野沦为工具更是众人的意料之外，两个意料之外便彻底造成了众人无法挽回的惨剧。宫野和工藤心蕊在Gin和Brandy的授意之下，将众人逐个击杀，连闻讯归来的白马也死在了宫野的枪下，工藤优作等人匆忙被安排出逃躲避，FBI、CIA等组织元气大伤。而Gin和Brandy按照组织旧有的模式，重新培养了组织新人，彻底重建了组织。

时间一晃眼又过去了三年，宫野已经快26岁，在组织浑浑噩噩呆了3年，每天出了听取各个实验报告，便是被Gin带着不知道去了哪些地方。而工藤心蕊更是彻底坐实了当年“第一杀手”的神话，成为了组织的金牌杀手。而就在宫野26岁生日那一天，宫野和工藤心蕊在Gin的授意下亲自带领两位组织十分看重的潜力新人。而就在宫野同工藤心蕊带着两个新人回到自己的办公室时，四人竟情难自禁地两两抱在一起。原来这两人便是当年被“杀”的白马探和工藤新一。

当年，宫野被抓回组织，的确被强行灌下药物，但幸运的是，也许是因为宫野曾经在与组织决斗中被Brandy折磨似的灌下很多奇奇怪怪的东西，那种药物并没有对宫野产生任何作用，相反竟然令宫野的眼睛恢复了一丝光明，能模模糊糊看到一些，虽然十分不清晰，但至少能够辨别一些人和路。意识到这点的宫野，配合地做出被下药失去记忆的样子，并灌了假药给工藤心蕊，让她同样做出失忆的样子，其实两人根本就完好无损。接下来，就是在两人主导下众人演出的一场又一场的好戏。众人在大众眼中是被邪恶力量击杀，实际则是被送到安全地方训练，并重新塑造出一个人物进入组织视线，为的就是今天，以组织新人的身份进入组织。只是众人都未料到的是，这一别就是三年。这三年，不仅是宫野和白马的分别，其他几对也在各自完成训练和任务要求下到了各个不同的地方，所求，不过是彻底了解新组织的一切，做到真正了解，完全毁灭。

在工藤和白马潜入组织之后，各方面的收尾工作也逐渐展开，在Gin和Brandy不曾察觉之下，工藤心蕊所杀的人其实都是被众人掉包之后组织自己的人。而组织的各部分力量也在无形中被众人架空，这个外表实力比旧组织更甚的新组织，其实已经渐渐成为了一只纸老虎。而与此同时，Gin与Brandy因宫野而产生的多年矛盾也在日益加剧，内部矛盾也层出不穷，在此里亏外虚的情况下，与组织的战争终于在FBI的第一声枪响下展开了。斗争中，Gin发现了宫野和工藤心蕊其实并没有被操控，而且用一出出戏码为他编织了一个个牢笼后，终于气急败坏。在Brandy被白马射杀后，挟持宫野从暗道离开，而这暗道通向的地方竟然是当初宫野和白马定情的樱花林。在樱花林中，Gin和白马展开恶战，在Gin差点射杀白马的千钧一刻，宫野挣脱Gin的束缚，在子弹打中白马前挡了下来，却也因此被击中了要害。白马见宫野受重伤，愤怒至极，终于一枪定音，射杀了Gin，彻底终结了组织。重伤之下，宫野的视力竟渐渐恢复，再次清晰地看到了白马，她说从此再无遗憾，两人在樱花雨中话别。

由两年后，众人在工作生活上各有所成，该结婚的结婚，该生子的生子。在某一案件结束后，众人接到医院传来兰即将生产的消息急忙赶到了医院，除了，白马。在众人赶往医院的途中，他却独自一人驾车开往了那片樱花林。在樱花林中寻寻觅觅，终于找到了约好的那抹茶色的身影。如今的宫野正挺着个大肚子安静地坐在樱花树下，满面幸福。原来当年的那颗子弹虽打在了宫野的要害，却最终并没有要了宫野的名，在松原的全力抢救和如活宝般降临的百里君徵各种珍奇药物的治疗之下，宫野总算是捡回了一条命，并治好了眼睛。但由于受伤太重，所有那次事件后的一年多里，两人虽和众人一道举行了婚礼，白马却始终不曾对灰原做过什么，以致毛利兰这都第二胎临盆了，宫野才第一胎满六个月。白马告诉宫野，兰的第二胎要生了，宫野正催促着白马快开车带她去医院时，工藤的电话便打了过来，嘹亮的婴儿啼哭声穿过空间穿到了两人的耳中，幸福满溢的感觉都不禁令两人沉醉，相拥在这绚烂的樱花之中。（全书完）