工藤夫妇虽然心疼女儿，但看到女儿的决心也只能忍痛让工藤心蕊变回了Rum。

在Rum的帮助下，众人迅速掌握了组织大部分资料和近期的行动，但为了保证Rum的安全，众人也不敢在明面与组织大动干戈，只能在FBI等人的帮助下，趁组织有行动的时候，在表面上做出组织行动成功的样子，实际上是将组织的人或杀或捕并偷换成自己的人再送回组织。如此几次行动下来，FBI等人的眼线已经遍布组织内部。虽然为了偷换进去的人大都不能触及组织内部信息，但也为了最后决战的那一刻做好了内应。

众人作为组织的头号明敌，虽然不能被偷换进组织，但通过内应传来的消息，众人已经初步筹划好了与组织决战的那一刻。众人得到消息，组织Boss和Vermouth将在一周后与某机构人员进行秘密交涉，Boss虽提出是去交涉，但实际上却是想借机掌控那股政治力量，所以Boss会命Gin在暗中进行行动。对于已经被众人消灭了两名“四大杀手”，并被安插了无数眼线的组织，失去了Boss、Vermouth和Gin，几乎可以说是失去了核心力量，在那个时刻便是众人占领组织的最佳时机。

众人深受折磨似的等待终于得到了回报，工藤心蕊终于从组织传来消息，Boss和Vermouth将在三天后与机构人员进行会面，且Gin也在意料之中地对Boss进行秘密保护，组织一切由Brandy和欧阳珏管理。众人分为两组，由灰原带领的一组人前往组织，另一组由工藤带领前往Boss那儿对Gin进行干扰，使他没办法即刻处理组织的危机。在工藤心蕊的协助和得知真相的欧阳珏倒戈，以及众多卧底帮助得到情况下，组织很快就被灰原等人控制，只是在与Brandy和另外两大杀手缠斗的过程中，灰原等人也是受伤惨重，结果两大杀手和一干组织人员丧命当场，组织被火焚烧得破败不堪，但Brandy却不知所踪。另一边，在得知组织被重创的消息和工藤等人的干扰下，那位在APTX-4869作用下以20多岁模样出现在众人眼前的Boss在逃亡中心狠手辣地利用Vermouth挡子弹，并将她弃入大海，但最终任然被众人射杀，Gin和Vodka也在汽油爆炸中不知所踪，组织在众人不眠不休地奋战两天两夜后终于是强弩之末，不堪一击，最终由日本机构出面解决了所有残局。

解决了组织这块心头大病之后，众人终于疲惫不堪却也安心地倒下了，经过这么长时间的努力，组织终于毁灭在了众人手里。但令众人想不到的是，就在众人以为一切都基本结束了的时候，医院却对灰原的伤势下达了病危通知单。经过一系列的抢救后，灰原虽然捡回了一条命，但却因为在组织的那场大火的烟雾损伤下失去了视觉，再也看不见了。虽然灰原本人对失去视觉十分坦然，但白马却是痛心不已，众人也是十分揪心。就在此时，在藤野家族那场大火中失踪的百里君徵却突然出现了，并扬言可以医治好灰原的眼睛，但前提条件却是灰原必须跟他回百里家族。

原来在百里君徵在藤野家大乱的时候便趁乱从藤野家夺取了重要的信物，并回到百里家以血腥手段清洗了百里家族，报了自己小时候所受到了一切苦难的仇恨。但同千万报仇成功的人一样，百里君徵面对空旷冷清的百里家族同样没有丝毫的快乐感，他多年来生活在为自己报仇，洗刷残酷家族的仇恨中，从来没有想过其他的事情，除了，宫野志保。他幼时与灰原的相遇其实就是一场两大家族合谋之下的“巧合”，他也是被设计的人。说到底，他百里君徵不过也只是一个可怜人。在亲手毁灭了自己的家族以后，百里君徵便和藤野觅绯一起来到了东都，想帮助灰原等人。但由于之前灰原对他的敌意，他不敢贸然出手，只能在暗中帮助灰原。在灰原等人铲除组织的时候，曾受到一个神秘人的帮助，这个人其实就是百里君徵。

将这一切解释清楚后，灰原等人对百里君徵释然了。而百里君徵之所以要说要治疗灰原的眼睛必须让灰原跟他回百里家族，是因为百里家族所在的山谷十分奇特，生长了许多奇花异草，而这些奇花异草一旦离开了百里家族所在的山谷便会失去生命力。而以灰原目前的伤势来看，对这些奇花异草的需要，至少不会少于10年，所以才有这么一说。灰原对能不能治好眼睛完全无所谓，何况为了治疗眼睛还要去深谷里呆多年，因此果断地拒绝了。但白马却看不下去灰原失去视力，行动不能自已，她所拥有在化学和医学上所有的才华不能施展的生活，暗中和百里君徵商量，希望送灰原去治眼睛。而百里君徵也趁势提出，让白马和灰原分手的要求。