灰原虽重伤在身留院观察，却以幕后人的身份协助FBI和CIA屡次破坏组织的任务，甚至切断了组织一股极为重要的经济源，这让组织Boss十分恼怒，命令潜伏在工藤家的Rum伺机而动杀了工藤夫妇重创众人。但此时的Rum已经逐渐沉溺于工藤心蕊这个身份中，并也逐渐意识到当年的事情确有隐情，不忍心对工藤夫妇下手，但Boss以Hennessy的性命作为要挟，让工藤心蕊夹在中间左右为难。工藤新一察觉到工藤心蕊的矛盾纠结，私下找灰原询问，灰原也隐约知道Hennessy和工藤心蕊的关系，将猜想告诉了众人。工藤夫妇知道这件事情以后，坦率地和工藤心蕊摊牌，希望和工藤心蕊合力救出Hennessy，如果行动失败，他们愿意跟工藤心蕊回组织以换取Hennessy的暂时安全，工藤心蕊深受感动，第一次发自内心地叫了声爸妈。工藤心蕊将自己所知道的一切告诉众人后，众人便开始着手计划，并拟定了行动时间。工藤有希子担心行动失败后便与女儿天人永别，在行动前一天提出与工藤心蕊出门逛街，工藤心蕊欣然答应。但两人在逛街的途中竟意外遇见了组织的人，工藤心蕊急于保护工藤有希子，便自己一个人追了上去，但当她把人追丢回来的时候却听到一声枪响，循声而去，竟看到倒在血泊里的Hennessy和正举着枪的工藤有希子。确定Hennessy已经断气死亡后，工藤心蕊几乎发疯，举枪便要杀了工藤有希子，但最终没狠下心，抱着Hennessy的尸体独自离开了。

意外的发生令众人都十分震惊，而与此同时，FBI和CIA又传来组织反攻的消息，组织以惊人的速度查找到了他们数个“安全屋”的位置，并暗杀了他们数十名线人，扰乱了众多行动计划，让FBI和CIA受到重创，而且据传来的消息，这些行动的指挥和幕后就是组织第一杀手的Gin。众人明白这是组织在进行反攻了，虽然经历了之前的几场巨变，众人现在也是元气大伤，但灰原还是只能硬撑着联系各方着手防御和回击。而经历了Hennessy死亡的Rum，在埋葬了Hennessy后便回到了组织，并以自伤手臂，像胳膊上连开三枪的方式向Boss赔罪，且再次请求刺杀工藤家。Boss同意了Rum的请求，并派四大杀手之一的Margaret协助Rum。Rum得到了Boss的同意后，便又伤心地回到以前Hennessy的住所，Hennessy已经死了，按组织的规矩她的一切物品都将被焚毁。Rum来到Hennessy的房间，一点一点地回忆以前和Hennessy一起生活的日子，伤心之余却也发现了一本很奇怪的日记本，这本日记本的确是Hennessy的，但里面所记录的事情却与Rum所记忆的有出入，Rum觉得这本日记本里肯定隐藏了什么Hennessy留给她的秘密，于是仔细查看起来，当Rum将其中所有有出入的地方串联起来后得到了一个得到了一个地址，Rum从中得到了一封信，是Hennessy的遗书，其中详细地诉说了当年组织是如何将婴儿的工藤心蕊抢回组织，并将她交给Hennessy抚养至大脑略微成熟，能够拥有记忆时又抛掷到雪地里，强迫她正在发育的大脑记住了那个寒冷的冬季，之后再将她抱回来抚养长大，成为组织杀手的事情。Hennessy还在里面写了在她死前几日Boss派人通知她要将她转移的事情，信里说她当时便才道她已经凶多吉少，并猜到Boss会用她的死做文章，所以留下了这封信，希望Rum不要受到Boss的蛊惑。

Rum看了以后十分的震惊，同时也意识她疏忽了当时正应处于监禁状态的Hennessy怎么会到米花街这个细节，Rum暗自悔恨自己太过大意，差点杀害了自己的亲生母亲，而且再过几天她手臂的伤稍微好点，她便会和Margaret一起行动暗杀工藤家，这个节骨眼上Boss会对她严加看守的，而且她手臂上有伤也不可能神不知鬼不觉地溜走。眼看着时间一天天逼近，Margaret已经做好了一切准备，工藤心蕊也下定决心，就算和Margaret同归于尽，也不能让组织的人伤害自己家人。当工藤心蕊和Margaret以及组织的协助小队埋伏在工藤家后，工藤心蕊用了工藤新一以前逗她开心用的小把戏做了暗号，希望她死以后工藤新一能明白她苦衷和无奈。但令工藤心蕊没有想到的是，灰原在Hennessy的事情发生以后便推断她一定会和Margaret一起来暗杀工藤家，早就做好了一切准备，而工藤新一也在工藤心蕊留下暗号后不久便察觉到了，众人将计就计在与Margaret的混战中消灭了Margaret和组织协助小队，并在Alec的协助下，作出工藤心蕊趁乱逃脱的假象。工藤心蕊被家庭温暖感动，彻底承认是工藤家的一份子，但为了众人最终的胜利，工藤心蕊又主动提出回组织当卧底，并狠心撕裂胳膊上的旧伤，且在身上增添了打斗的伤痕，作出重伤的样子后逃回组织。工藤夫妇虽然心疼女儿，但看到女儿的决心也只能忍痛让工藤心蕊做回了Rum。