众人在藤野家族的高压下据理力争，红子为了保护众人不惜违抗藤野弥幻，藤野弥幻盛怒之下将红子软禁，但红子却以自己的方法在夜间逃出，正好遇上外出散心的松原，红子将大致的逃跑计划告诉松原，让松原转告众人后，松原将心中压抑的情感爆发，向红子告白，红子受到感动后留下眼泪。令红子没有想到的是，藤野家族在族人出生那刻起便在族人的眼睛上动了手脚，藤野弥幻立刻便知道了红子出逃的事情，被红子彻底激怒痛责红子，并宣布撤销红子下任族长的身份，且扣留众人。众人凭借自己力量带着红子顽强冲出了藤野家族，却因红子受伤昏迷而迷失在“自杀森林”中，意外遇到了一个隐居森林的老婆婆。老婆婆带着众人到了出森林的密道，让众人离去，却没想到此时的藤野家族的所在之处竟燃起了熊熊大火。原来，工藤心蕊趁众人无暇分身之时，竟联系到了组织，组织的Boss下令彻底清理藤野家族。众人赶到的时候组织已经消失无影，整个藤野家族都被火海淹没，藤野弥幻和藤野岩殁也双双死于大火之中，只是临别之际和红子道清了整个藤野家族的秘密并将红子许配给松原翼。藤野弥幻道，其实根本就不存在潘多拉宝石，藤野家族会魔法的传说也是假的，众族人的卜算能力其实只是一种变相的推理能力，只是他们把这种推理能力转化为直觉，并假借于塔罗牌显示而已。除此之外，藤野弥幻还告诉红子，在这片森林中还有一个藤野家族的先祖，因她知道一切秘密，因而被长年弃于藤野家族门外。而众人之前遇到的那位老婆婆便是藤野家的先祖。

在藤野先祖的帮助之下，众人顺利逃出森林，但藤野先祖因不愿离开藤野家族而在森林中自尽。除了当时在藤野家族的百里君徵和藤野觅绯失踪之外，整个藤野家族在一夕之间化为灰烬，红子伤心欲绝，精神恍惚。而与此同时，一个更令人震惊的消息从东都传来，灰原的母亲艾连娜被组织掳走，至今不知所踪。工藤新一震惊之余悔恨不已，私下与工藤心蕊摊牌，而工藤心蕊却毫不畏惧，扬言她如此所作出的成绩已经超出了组织的预期，她完全可以抽身而去。工藤新一念及和工藤心蕊的兄妹之情仍然不愿讲工藤心蕊是内鬼的消息告诉众人，只是暗自嘱咐毛利兰要好好看住工藤心蕊。众人回到东都以后，松原和红子因伤暂时退出行动，其余众人迅速查找线索寻找艾连娜。顺利的是，众人在一天后便查找到了相关线索，找到线索后的众人快速组织行动解救艾连娜，并成功救出。但在灰原庆幸母亲回来的同时，白马却感受到了一份不安，这次行动的成功似乎隐藏了什么阴谋。与此同时，被“遣送”回家的工藤心蕊意外发现工藤夫妇其实早就知道她卧底的身份，但待她依旧如从前，工藤心蕊冰封的心渐渐被融化，与工藤有希子的关系日渐亲密。但此时令众人费解的事情发生了，自上次艾连娜被绑之后，陆续又发生了两次同样的事情，但每次众人去追查的时候却也能顺利救下，艾连娜被绑似乎是组织一手导演的戏，但组织的目的究竟是什么，这令众人困惑不已。而感受到亲情温暖的工藤心蕊对众人也产生了一定的愧疚心理，偷偷逃出工藤家，到医院找到众人后告诉众人，组织的目的其实是为了加重艾连娜的病情，以此来折磨灰原和众人。组织每次带走艾连娜都以礼相待，再让众人抢回，这样就能让艾连娜在被绑与被抢之间模糊心智，不分敌友，也借此让众人受到精神上的折磨和消耗，在你们疲惫之际再将众人一网打尽。

工藤心蕊的突然投诚让众人将信将疑，虽然工藤新一为了他的兄妹之情并没有将事实告诉众人，但聪明如众人也在工藤新一带工藤心蕊进藤野家族时便明白了一切，只是大家都不曾点破而已。而灰原最后选择了相信工藤心蕊，灰原对组织这次的计谋愤怒异常，将母亲艾连娜交给众人后，便瞒着众人，甚至是白马，独自一人和Alce配合杀进了组织的一个分支点。灰原大显身手横扫分支点，并在生死存亡的一刻杀死了当时在分支点的四大杀手之一，却也身负重伤的晕倒在半路上。醒来之后的灰原被众人半安慰半斥责的说了一通，白马更是脸都气白了，最终灰原好一通服软才将白马哄好，两人的感情也增进一步。而灰原醒后也坦言，自己在分支点与四大杀手之一过招时险些被杀，但关键时刻一个黑衣人帮了自己，后来也是这个黑衣人将灰原送了回来，而且她怀疑这个黑衣人就是工藤心蕊，众人对工藤心蕊的信任又增加了几分。但同时，因为灰原这次的冲动行径，众人也清楚地意识到，组织不会再放任他们了，与组织决战的时刻就要到了。